El joven músico siciliano Gioan Pietro Flaccomio lo incluyó entre los nueve compositores que pusieron música al doble madrigal "Le risa a vicenda" (Venecia, 1598) en competencia (su aporte fueron los madrigales “Son le risa” y “Non sono risa”): la colección fue dedicada en Roma el 20 de agosto de 1598 al cardenal Del Monte. Marotta estaba al servicio del cardenal Girolamo Mattei en Roma, cuando el 1 de enero de 1600 le dedicó su primer libro de madrigales a cinco voces, titulado "Aminta musicale… Il primo libro di madrigali a cinque voci, con un dialogo a otto", una  colección de versos de "Aminta", de Torcuato Tasso. La única excepción es "Mentre Madonna", 'sobre el air del passo e mezzo siciliano'. De la colección se conoce un solo madrigal que fue republicado por el editor P. Phalèse en la antologia “Il Helicone” (Anversa 1616). La notoriedad de la música de "Aminta musicale" parece demostrada también por una pintura de estilo Caravaggio, atribuida a Bartolomeo Cavarozzi (por las figuras) y al maestro de la naturaleza muerta Acquavella. La pintura, de 1614-15, representa a un músico coronado con hojas que toca la flauta dulce, junto con otro personaje que sostiene una pandereta con pesar. En la mesa delante de ellos, una rama de vid con racimos de uvas, un violín en escorzo y un libro de música donde se pueden ver las páginas que contienen el madrigal “Dolor que sì mi crucii”, tomado precisamente de la Aminta musical de Marotta. La identificación de la canción ha permitido especificar el tema de la pintura, la que representaría a Aminta junto con la ninfa Dafne o Tirsi, en este caso con referencia a los versos del texto de Tasso en que se recuerda el hábito de Aminta de ‘endulzar la amargura de los mártires con el dulce sonido de la zampoña clara’.

En 1603 Marotta participó con el madrigal "Cede a vostri zaffiri il vago azzurro onde s’adorna il cielo" a la colección "Infidi lumi" impresa en Palermo como un homenaje a doña Giovanna, hija de Juan de Austria, con motivo de su matrimonio con Francesco Branciforte Barresi, príncipe de Pietraperzia y marqués de Militello; pero el volumen, en que participaron 18 compositores sicilianos, además del español Sebastián Raval, está por desgracia perdido. El 8 de diciembre de 1603 murió el cardenal Mattei y Marotta, sin su protector, probablemente permaneció en Roma.

Marotta ya era un sacerdote en la Curia romana, cuando en 1610 solicitó su afiliación a la Compañía de Jesús. El 10 de mayo de 1612 comenzó a servir su noviciado con los jesuitas en Palermo, transfiriéndose en marzo de 1613 al noviciado de Messina. Durante la Semana Santa de ese año, en San Nicolò dei Gentiluomini, Messina, introdujo a Sicilia la práctica de cantar la Pasión con voces solistas y acompañamiento de bajo continuo, tomando él mismo la parte de Cristo. En la Pascua de ese año, por primera vez la "Passio secundum Iohannem" se cantó en música a tres voces solistas por Marotta y otros cantantes.

Después de algún tiempo, Marotta regresó al colegio jesuita de Palermo, donde empezó a destacar por sus habilidades musicales: sus interpretaciones rápidamente se convirtieron en una atracción para la gente y las autoridades de la ciudad, por lo que un nuevo órgano permanente se instaló en la iglesia, hasta entonces sólo premunida de un órgano portátil. En 1618 Marotta fue encargado de componer la música, ahora perdida, para  la tragedia "El martirio de Pelagio", encargada al jesuita Fabrizio de Spuches por el virrey Francesco Castro duque de Tauresana, y luego representada en el colegio de los jesuitas. Su música y canto obtuvieron un éxito abrumador, pero como sacerdote jesuita ya no se permitió a Marotta cantar y tocar en público.

Como resultado de este clima de hostilidad, en octubre de 1620 Marotta fue trasladado a Mineo, un pequeño pueblo cerca de Catania, como rector del colegio local de los jesuitas, permaneciendo allí por los habituales tres años, hasta noviembre de 1623.
Incluso su permanencia en Mineo dejó algún rastro de actividades musicales: documentos contables dan fe, de hecho, de los gastos por ejecuciones de música durante las fiestas de San Francisco Javier y San Ignacio, para la compra de papel pautado y de un organillo. De vuelta en Palermo, Marotta fue saludado calurosamente, pero probablemente por algún tiempo se abstuvo de participar personalmente en actividades musicales. En esa época se las arregló para ganarse la confianza de Antonio Aragona Moncada, duque de Montalto, y su esposa Juana de la Cerda, convirtiéndose en confesor de ambos. En esta condición, en 1628, Marotta participó en la fundación del nuevo monasterio carmelita de la Asunción en Palermo, del que la duquesa se convirtió en priora en 1633, bajo el nombre de Madre Teresa dello Spirito Santo. También en 1628 Marotta se dirigió a su pueblo natal de Randazzo para fundar un colegio, pero la iniciativa presentó muchas dificultades, y en 1638 el colegio fue cerrado.

En los últimos años de vida Marotta volvió a dedicarse a la música. En 1635 uno de sus parientes, Agapito Marotta, supervisó la impresión en Palermo de la única obra de Marotta que ha llegado completa: "Raccolta dei mottetti. Libro primo, a due, tre, a quattro, cinque con il basso continuo et un salmo a tre et una litania a cinque o a sei", dedicada a una hija de los duques de Montalto, una carmelita descalza de nombre suor Antonia Gertrude. Contiene 36 motetes de dos a cinco voces, un salmo, y una letanía mariana para cinco o seis voces, todos con bajo continuo, 'nel grave et affettuoso stile'. La "bien concertada armonía... igualmente gentil y piadosa' es siempre densa, cabal, variada y llena de disonancias y cromatismos audaces. El compositor muestra una extraordinaria imaginación que sorprende continuamente en la forma efectiva que es conducido el sentido de las palabras. La refinada música de Marotta, particularmente avanzada en el contexto de la música italiana de la época, tiene sus raíces en el folklore siciliano. En contraste con Pietro Vinci, que los ocultaba, a Marotta le gustaba proclamar sus temas folclóricos en los títulos de sus composiciones: el motete "Sancta Maria" 'a due canti o tenori sopra un'aria siciliana' está basado en la canción tradicional para la decantación del mosto del vino; y el madrigal "Mentre Madonna" contiene la versión escrita más antigua de la 'furnarisca', el air dominante o melodía del folklore siciliano.

También en Palermo en 1636 publicó una colección de "Madrigaletti a tre e due voci", ahora perdida, así como otra de sus obras mencionadas en el inventario sólo como "música cum quatuor vocibus". Los documentos contables del colegio jesuita de Palermo muestran a Marotta supervisando de nuevo la música de la iglesia en los años 1638-1640; y en 1638 dos conocidos constructores de órgano de Palermo, Antonio y Raffaele La Valle hijo, lo interpelaban como perito acerca de la construcción del órgano de la iglesia madre de Caltanissetta.

La segunda parte manuscrita del tenor del "Miserere" y motetes para los viernes de Cuaresma, para ocho voces y bajo continuo de órgano de Marotta, se han descubierto recientemente en la Casa Professa de los Jesuitas en Palermo. Un volumen en poder de la corte de Graz en 1672, descrito como "Musica cum quatuor vocibus", está perdido; probablemente era un libro de madrigales.

Además de las obras citadas se conserva manuscrita la parte del tenor de algunas piezas pertenecientes a la colección "Miserere e Motteti per li venerdì di Quaresima" y el motete en diálogo "Ave quae est ista".